云南砂仁的根茎横走，圆形，有节；茎直立；叶无柄，两列，披针形；花茎由根茎抽出，唇瓣花；蒴果球形，有球状突起，成熟时呈棕红色（阳春砂仁）或绿色（绿壳砂仁）；种子多数，芳香。